brew updateしようとしたら以下の様なエラーが発生しました。

$ brew update
error: unable to unlink old 'bin/brew' (Permission denied)
Error: Failure while executing: git pull --ff --no-rebase --quiet origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master を参考にして権限を変更してから実行したら、またエラーが発生してしまいました。

$ brew update
Could not restore untracked files from stash
Error: Failure while executing: git stash pop --quiet

今度はbrew doctorしてみました。そこで出てた警告を解決してみます。

Warning: Xcode 7 lacks the 10.10 SDK which can cause some builds to fail.

We recommend installing the Command Line Tools with:

  xcode-select --install

to resolve this issue.

こちらを実行してみたら、なぜかxcodeのcommand line toolsがないからインストールしてくださいと言われたのでインストールしました。

それから再度brew updateしてみたら問題なく正常終了しました。

原因は何かの拍子にxcodeのcommand line toolsがアンインストールされてしまったことだったようです。